Aminosäuren bilden für unseren Organismus eine unverzichtbare Grundlage zahlreicher Stoffwechselfunktionen. Da weder der menschliche, noch der tierische Organismus dazu in der Lage ist alle für den Stoffwechsel erforderlichen Aminosäuren selber zu produzieren, unterscheiden wir zwischen essentiellen (lat.: wesentlich) und nicht essentiellen Aminosäuren.

Somit sind die essentiellen Aminosäuren für den Organismus lebensnotwendig, können jedoch nicht aus elementaren Bestandteilen aufgebaut werden. Sind diese Aminosäuren also nicht Bestandteil der Nahrung, kann der Organismus auf Dauer nicht überleben. Dazu zählen Isoleucin, Leucin, Lysin, Methionin, Phenylalanin, Threonin, Tryptophan, Valin, für Heranwachsende und Rekonvaleszenten Arginin und Histidin.

Demgegenüber stehen die nicht essentiellen Aminosäuren, bei welchen der Organismus in der Lage ist sie selbst zu produzieren. Dazu zählen Alanin, Asparagin, Glutamat, Glycin, Serin, Arginin, Aspartat, Glutamin und Prolin.

Da der Organismus die Fähigkeit besitzt einige Aminosäuren in andere umzuwandeln, ist die Abgrenzung zwischen essentiellen und nicht essentiellen Aminosäuren nach wie vor verschwommen. Ineinander umwandelbar sind beispielsweise die Schwefel enthaltenden Aminosäuren Methionin und Homocystein, welche der Organismus jedoch nicht selber produzieren kann. Ebenso kann Homocystein in Cystein umgewandelt werden. Somit bilden die Schwefel enthaltenden Aminosäuren im Organismus eine eigene Untergruppe. Eine weitere Untergruppe bilden Arginin, Ornithin und Citrullin, die mittels des Harnstoffzyklus ineinander umgewandelt werden können.

Durch verschiedene Umstände allerdings können nicht essentielle Aminosäuren zu essentiellen Aminosäuren werden.
Findet beispielsweise aufgrund einer Stoffwechselerkrankung die normale Umwandlung von Phenylalanin in Tyrosin nicht statt, so wird die nicht essentielle Aminosäure Tyrosin zu einer essentiellen Aminosäure. Man spricht in diesen Fällen von bedingt essentiellen Aminosäuren. Weitere Beispiele sind Arginin, Cystein und Glycin.

Die Qualität der Nahrung spielt somit eine wichtige Rolle für eine ausgewogene Versorgung insbesondere mit essentiellen Aminosäuren, denn der Organismus erkennt durchaus deren Qualität und aufgenommenen Anteile. Wird er mangelhaft oder unzureichend mit bestimmten Aminosäuren versorgt, so werden auch die anderen Aminosäuren nicht zum Proteinaufbau genutzt, sondern in Fette und Zucker abgebaut.